El Centro Teológico San Agustín (CTSA), nace oficialmente el 30 de enero de 2006 como centro afiliado a la Universidad Pontificia de Salamanca y depende, en cuanto a su gobierno y organización, de las Provincias Agustinianas de Castilla, Matritense y España.

Heredero de la secular tradición teológica de la Orden de San Agustín en España, comenzó a funcionar en el curso 1994-1995, cuando dos de los Estudios que mantenía entonces la Orden, el Instituto Teológico Escurialense y el Estudio Teológico Agustiniano Tagaste, decidieron iniciar un proceso de colaboración en las tareas académicas, tanto a nivel de profesorado como de alumnado, con vistas a una posterior unificación.

Durante ese período transitorio, que se ha mantenido hasta el curso 2005-2006, cada Centro conservó su propia entidad jurídica, afiliado el primero a la Universidad Pontificia de Salamanca y el segundo a la Universidad Pontificia Comillas.